馬太鞍溪堰塞湖洪災案情正式進入司法與政治的深水區。花蓮地檢署於一月十四日針對十九死、五失蹤的慘案展開大規模搜索，不僅聲押光復鄉長林清水獲准，更將究責層級鎖定花蓮縣長徐榛蔚，引發社會震驚。面對司法與家屬自救會「怠忽職守」的指控，花蓮縣政府隨即發布高達十點的嚴正聲明，痛批中央在災害前夕風險數據反覆、關鍵時刻未施放警報且長期疏於整治河川，才是釀成悲劇的結構性主因。
花蓮地檢署指出，光復鄉長林清水涉嫌在災前多次無視中央及水利專家的風險提醒，甚至疑似在行政院啟動一級應變中心後，以「虛假回報」誤導中央，導致國軍支援與疏散時機遭到延誤。罹難者家屬自救會則指控縣長徐榛蔚對預警早已知情，卻未能及時啟動強制撤離，甚至在洪災來臨前仍出訪韓國，防救資源投入嚴重不足。地檢署強調，依據《災害防救法》，縣府對鄉公所有法定的指揮監督義務，對於一千八百戶、八千五百名居民的生命安全，地方父母官責無旁貸。
針對上述指控，花蓮縣政府提出關鍵數據進行強力反擊，指出中央對撤離人數的專業評估反覆無常，在災前短短兩日內，撤離規模從原本評估的六百九十人，突增十一倍至八千人，對基層應變造成巨大衝擊。縣府強調，在林保署發布紅黃色警戒後，縣府皆已依法要求公所啟動撤離，絕無媒體所稱「草率結案」之情事。更批評行政院長與農業部長在災前多次公開宣稱「無立即危險」，嚴重影響地方與民眾的風險判斷，此種「傳遞錯誤訊息」的行為才是導致後續誤判的主因。
花蓮縣府進一步揭露，在多次災前會議中，地方曾強烈要求中央在堰塞湖發生潰壩風險時必須「施放海嘯警報」以強化預警效果，但中央在災害發生當下並未執行，導致民眾錯失至少三十分鐘的黃金避難時間。此外，馬太鞍溪身為中央管河川，卻面臨長達九年未見中央主動疏濬的窘境，即便地方多次示警開口堤防強度不足，中央補強成效仍明顯失能，導致康芮颱風後再次潰堤。縣府嚴正聲明，鄉長依法是第一線法定指揮官而非「配合單位」，中央不應將法定職責未履行的責任，政治性地轉嫁給地方承擔。
目前案件已進入司法偵辦階段，全案核心在於地方政府是否在接獲中央連續九次警告後仍消極對待。縣府對此提出徐縣長在災前早已設置前進指揮所，並明確要求三鄉鎮全面停止危險區域活動的會議紀錄作為自評。花蓮縣府表示願意依法接受檢視，但要求相關調查應一視同仁，全面釐清中央部會如農業部、經濟部在輔導與基礎建設上的權責歸屬。
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