該管理辦法由農業部防檢署與衛福部食藥署於兩年前會銜發布，核心規範當動物用藥不足時，可使用經藥商申請登錄為「動物保護藥品」的人用藥，或由獸醫師開立證明後至藥局取得。制度設有兩年緩衝期，原定今年七月正式上路。
但獸醫師擔憂新制將導致缺藥問題，甚至可能迫使飼主自行前往藥局購藥，加上藥品轉為動保用藥後價格預估將上漲20%，額外成本恐由飼主承擔。
根據防檢署統計，目前公告可供犬貓及非經濟動物使用的人用藥品共七百零一項，但完成「動物保護藥品」登錄僅二百一十六件，不足三成。這意味著約五百項藥品無法在動物醫院備存，恐在急性治療或夜間急診時造成用藥困難。
台灣野灣野生動物保育協會秘書長綦孟柔指出，新制未考量動物救傷實務和地理特殊性，也忽略生命脆弱性，要求暫緩上路。她建議採兩階段模式調整，短期全面改採流向申報管理，建立專案備藥制度，長遠則接軌歐盟等先進模式。
獸醫內科醫學會理事長鍾聲樺表示，目前申請動保用藥許可證幾乎全為國內藥廠，國外藥廠不會為台灣特殊制度更動標籤，許多優良進口藥物「看得到、吃不到」，不利動物醫療。
針對農業部提出放寬獸醫師開立「儲備藥品購藥證明」的修正草案，食藥署持反對意見，擔心藥品流向不明，要求維持現行規定。基層藥師協會理事長沈采穎也認為防檢署嚴重失職，未積極鼓勵藥商申請動保用藥。
台北市長蔣萬安於市議會表示，已接獲飼主與獸醫師反映，市府將向中央充分反映基層聲音，呼籲在配套未完善前暫緩實施。
農業部回應，本週已與食藥署密集研商，將持續召開會議廣納各界意見，在確保寵物生命權及醫療權下進行有效管理，若實務上仍有窒礙難行之處，不會貿然上路。
