3月23日上午8時，京都這名男童安達結希由父親開車送往園部小學參加畢業典禮。父親將他放在距離校門口約200公尺的停車區域，這段僅需一、二分鐘的步行路程，竟成為整起事件最關鍵的空白時段。
男童身穿深色抓絨外套、胸前印有「84」字樣的衛衣、米色長褲及黑色運動鞋，背著黃色書包，但校內監視器完全未拍攝到他入校身影。
校方在畢業典禮點名時發現男童缺席，卻直到典禮結束才通知家長並報警，這段時間延誤被外界質疑錯失黃金搜救時機。警方、消防團隊隨即展開大規模搜索行動，搜索範圍涵蓋山林、河邊、道路及廢棄空地等區域。
案情在3月29日出現重大轉折。家屬在距離學校約3公里的山路發現安達結希的黃色書包，但詭異的是，消防團前一天已搜索過該區域卻未發現書包，顯示物品可能是後來被人故意放置。
4月12日，警方在距離學校約6公里處發現一隻黑色運動鞋，與男童失蹤當日穿著相符。
4月13日下午，警方在距離學校西南方約2公里的山林中發現遺體，呈仰臥狀態且腐敗。遺體穿著與失蹤當日相同的深色抓絨外套、米色長褲及印有「84」字樣的衛衣，但僅穿襪子未著鞋。經司法解剖確認身份為安達結希，死亡時間推估在3月下旬。
最令人震驚的是，解剖結果顯示死因不詳。曾任京都府警搜查一課長樋口文和表示，已排除頭部重創、利刃刺傷及窒息等可能性，但遺體缺乏明顯外傷且腐敗嚴重，讓死因判定陷入僵局。
案件最大疑點在於男童的書包、鞋子與遺體分別出現在三個不同地點，彼此相距數公里且方向不一致。專家分析，11歲兒童在山區不穿鞋步行4公里極為困難，加上物品分散範圍廣泛，懷疑可能有車輛參與運輸。警方認為存在外力介入可能性，正朝他殺方向調查。
園部小學已於14日臨時停課，當地教育委員會考量學童可能出現心理不穩定情況。案發現場附近有民眾獻花悼念，整起事件震撼當地社區，家長們對兒童安全深感憂慮。
