總統府日前發函，宣布由徐錫祥代理檢察總長一職，引發朝野激烈爭議。此前，立法院已依法對徐錫祥的檢察總長人事任命案投票否決，但行政院仍在立法院同意權遭否後，逕行以代理方式推動人事安排，引發在野黨及法界強烈批評。
爭議焦點之一在於徐錫祥的背景。他曾擔任國家安全局副局長，被批評者認為其「國安思維」與檢察體系強調的司法獨立原則存在本質差異。批評者指出，國安系統以執行總統國安決策為核心，政治上對總統負責；檢察體系雖亦有上下級指揮架構，但檢察官辦案的最終依據是法律，而非政治指令。
其次，此次代理任命程序亦遭質疑。依法務部過去慣例，總長出缺時，代理職務通常由最高檢察署現任最資深主任檢察官擔任。批評者指出，徐錫祥並非現任最資深主任檢察官，府方此舉實質上打破既有體制慣例。
在野黨與部分法界人士進一步憂慮，檢察總長掌有指揮監督全國逾1400名檢察官的權力，並在選舉期間統籌查賄策略。法務部統計資料顯示，112年1月至114年3月間，違反反滲透法及選罷法相關案件中，不起訴處分高達416人，近八成案件最終以不起訴或無罪收場，引發外界對於「上面定調、下面猛辦」辦案模式的疑慮。
