日本生活媒體《Hint-Pot》訪問Misa Clinic六本木本院院長寺井美佐榮，她表示剛加熱完成的料理若只有一隻果蠅短暫停留，並不代表一定會造成食物中毒。不過果蠅經常出沒在廚餘、排水孔、腐敗蔬果及潮濕有機物周圍，身體和腳部可能沾附雜菌與微生物，因此遇到四種情況不建議冒險食用。
第一種情況是未經加熱的生食。切片水果、生菜沙拉、生魚片及涼拌菜等食物通常不會再經過充分加熱，一旦果蠅將微生物帶到食物表面，就少了以高溫降低風險的程序。尤其切開的蔬果水分充足，若已在室溫下放置一段時間，建議直接丟棄，不要只切除果蠅接觸位置後繼續食用。
第二種情況是已在室溫放置太久的食物。食物的風險不只來自果蠅，也與環境溫度及放置時間有關。美國農業部食品安全檢驗局建議，容易腐敗的食物在室溫下不應放置超過兩小時，當環境溫度高於攝氏約三十二度時，更應縮短至一小時。若飯菜原本已久放，之後又遭果蠅停留，不能只靠氣味或外觀判斷，也不能認為重新加熱就一定安全。
第三種情況是多隻果蠅反覆停留。若只有一隻果蠅短暫停在剛加熱完成的食物上，未必會立即造成健康危害，但若多隻果蠅來回停留，或食物周圍已出現明顯的果蠅群，代表食物被接觸的範圍與潛在污染機會增加，也可能反映附近有孳生源，此時不宜繼續食用。
第四種情況是高風險族群食用。即使食物外觀、氣味沒有異常，只要是準備給幼兒、長者、孕婦、糖尿病等慢性病患者，或免疫力較弱的人，就應採取更嚴格的食安標準。這些族群遭受病原菌感染後，出現嚴重症狀的風險較高，因此只要對保存時間或污染狀況存有疑慮，最安全的做法仍是直接丟棄。
刊登於《Journal of Food Protection》的研究顯示，果蠅在實驗環境中具有把大腸桿菌、沙門氏菌及李斯特菌從污染源帶往其他接觸表面或即食食品的能力，證明果蠅確實具有傳播細菌的可能。
寺井美佐榮建議，更重要的是從源頭改善杜絕果蠅。廚房環境的排水孔、廚餘桶及流理台應定期清潔，熟食完成後盡快食用或放入冰箱，開封後的食品應以密封容器保存，過熟或腐爛的蔬果也要立即處理，生廚餘則應密封並頻繁清除。
