國內流感疫情仍處高峰，重症與死亡人數雙創新高，疾管署6日公布上周門急診就診計13萬9060人次，較前一周略降1.4％，但單周就暴增219例重症病例及44例死亡，以感染A型H1N1為多。新冠肺炎疫情下降，但仍處流行期。
依據疾管署監測資料顯示，國內流感疫情持平仍處流行期，第39週(9/27-10/3)類流感門急診就診計139,060人次，較前一週略降1.4%。另上週(9/29-10/5)新增219例流感併發重症病例(210例H1N1、1例H3N2、7例A未分型、1例B型)及44例死亡(41例H1N1、1例H3N2、2例A未分型)。依實驗室監測資料顯示，目前社區中流行之流感病毒以A型為主，其中以A型H1N1占90.7%為高。
本(115-116年)流感季累計30例重症病例(均H1N1)；上(114-115年)流感季累計1,862例重症病例(1,225例H1N1、511例H3N2、35例A未分型、91例B型)及378例死亡(247例H1N1、107例H3N2、12例A未分型、12例B型)，其中重症病例以65歲以上長者(占66.4%)及具慢性病史者(占83.6%)為多，67.2%未接種該季流感疫苗。
新冠疫情部分，國內新冠肺炎疫情下降，惟仍處流行期，第39週(9/27-10/3)新冠門急診就診計7,836人次，較前7日(9/24-9/30 )下降26.7%；上週(9/29-10/5)新增37例本土重症病例及16例本土死亡病例。 本季(2026/10/1-2027/9/30)累計12例本土重症，尚無死亡病例。
上一季(2025/10/1-2026/9/30)累計781例新冠併發重症本土病例，其中163例死亡，重症病例以65歲以上長者(占73.6%)及具慢性病史者(占83.0%)為多，83.9%未接種該季新冠疫苗；近4週本土病例變異株以PQ.16.1.1及NB.1.8.1。
疾管署表示，115年度公費流感及新冠疫苗自10月1日起正式開打，截至10月5日，流感疫苗接種數約106.2萬人次、新冠疫苗亦接種約39.5萬人次，均較去(2025)年同期高，隨著雙十假期將至，連假出遊使人群交流頻率增加，而疫苗接種約需2週的時間才能獲得足夠保護力，請民眾儘早前往合約院所接種流感及新冠疫苗，早日獲得保護力，守護自身與家人健康。
