為徹底解決二仁溪污染問題，臺南市政府積極向中央爭取經費推動「二仁溪河道廢棄物清理第二期專案」，總預算13億元432萬元已獲核定，預計117年前清除約2.2萬公噸廢棄物，為重建清澈水質與生態復甦邁出關鍵的一大步。
環保局表示，二仁溪曾是臺灣污染最嚴重的河川之一，早年遭非法廢五金熔煉業侵害，導致環境破壞嚴重。環境部於民國89年成立「二仁溪違法熔煉業污染整治專案小組」，大規模查緝非法行為，並將該流域納入「臺灣地區河川流域及海洋經營管理方案第一期計畫」，協助成立地方巡守隊，有效防堵污染源頭。
歷經多年努力，整治已見成效，二仁溪污染污染程度從91年的100%重度污染，降至113年的21.5%，展現中央與地方長期投入的成果。然而，仍有部分河段殘留事業廢棄物與有害污染物，亟待後續清理。
此次第二期清理專案，將鎖定流域內台南、高雄尚未處理的四處場址，由南市統籌進行清理改善，預計清理約2.2萬公噸廢棄物，並導入先進篩分技術進行污染物分類處理，藉此降低清理成本，減少環境衝擊。
